杀菌灭藻剂使用方法是一般要投入50-100mg/L加剂量；用来作为粘泥剥离剂，粘泥剥离剂的使用量为200-300mg/L，如果有需要可投加适量的有机硅类消泡剂。杀菌灭藻剂可以与其它杀菌剂，如戊二醛、异噻唑啉酮、二硫氰基甲烷等配合使用，效果会更好，但绝对不能与氯酚类药剂等共同使用。投加杀菌灭藻剂后循环水中后剥离出现的污物，要及时捞出或滤除，不要让泡沫消失后沉积。杀菌灭藻剂不能与与阴离子表面活性剂混用。
杀菌灭藻剂通常会被应用于处理循环冷却水，应用中需要注意的是一定要及时滤除剥离出来的污染物质，避免泡沫消失后出现沉淀，确保系统中水质的相对良好且维持设备的有效稳定运行。